通過各大學舉行的日本入學考試升學的方式是大多數人都熟知且會采取的一種方式，由于這種方式面相絕大多數考生進行考試選拔，受眾面廣，所以適合在日本讀語言學校的學生、想在國內直接申請考生的學生、研究生（日本）在讀的學生申請。其基本的流程分為以下幾個階段。
  日本
  1）出愿階段
  出愿即報名，這個需要遵守每個學校所公布的募集要項中的要求。日本大學院出愿的時間一般是分為冬季和夏季。夏季的出愿時間一般是在6月～8月之間，冬季的出愿時間是12月到翌年的1月之間。具體日期參照每個學校的募集要項。
  一般來說出愿的階段需要準備的資料有以下幾種。
  a畢業/學位證明書：學歷院校所開具的證明書類，在內容上需要包括以下幾項，學員姓名、學員的入學畢業時間、獲得何種學位、開具的日期。不過要注意開具的紙張需要要用畢業院校的抬頭紙，上面需要要有學校的地址與聯系方式。有的學校（如早大）會指明需要提交學信網開具的證明，需要格外注意。
  b成績證明書：與畢業證明相似，成績證明書是指學員學歷院校從入學開始到畢業的所有學年的成績單，而且院校的公章。
  c推薦信：部分學校需要提交。推薦信內容上包括：開具人與學員的關系，該學員的學習能力與研究能力，開具人的職位，所屬機關，聯系方式，開具人的簽名或印章。大部分的院校是沒有規定的格式的，但是近幾年有一些院校是需要用其規定用紙（早稻田大學，神戶大學），所以需要盡早準備，開具完畢后需要密封，并在封口處簽字或蓋章。
  e日本語能力證明書：日語能力證明書是指日語能力測試或者日本留學生考試日語的成績單或者是日語學習機構開具的日語能力證明書。盡量準備原件，原件都可以在考試中心的官網進行再發行。
  f英語能力成績證明書：是指TOEIC／TOEFL／IELS之類的英語考試的成績單，每個學校可提出的英檢成績各有不同，一般的TOEFL是所有院校都認可的，TOEIC的成績除去個別院校（東京大學／一橋大學/京都大學）的個別專業之外都可以使用。
  g研究計劃書：基本上所有文科類的大學院都是需要研究計劃書的，理工類的大學院如果是參加考試的學生，對于研究計劃書的要求都不一樣，有的院校是不需要的，理工科的同學在出愿前可以參照目標院校的募集要項看看是否需要研究計劃書。
  以上的資料是可以自己在出愿前自行準備的內容，幾乎每所院校都是需要的，基本在出愿前的1個月內準備好，到出愿的時間直接匯總后與其他證件類材料郵寄給學校即可完成出愿。
  關于出愿前與教員取得聯系
  需不需要提前和教授取得聯系是一個頭疼的話題。有一些募集要項中會提及需要取得教授內諾的事項，而有一些不會說。理工類的話，有些是不需要（不強制）和教授聯系，例如早大、東大等。具體要查看各校出愿要項或出愿頁面中是否有提到「需要事前和指導教員聯系」，如沒有則可認定為不必事前聯系。但是，無論是否要求，還是盡量要提前去聯系一下教授并且面談一下，這樣會對入試有一些幫助。理由有三：
  首先，提前聯系教授的話通常都會被邀請去研究室參觀，有機會接觸到研究室成員，幸運的話還能見到中國的前輩，可以獲知很多內部消息和考試經驗。
  其次，和教授聯系的過程也是深入了解研究室和教授研究方向的過程，如果省略這一步驟，那么就少了一個雙方互相了解的契機。除了少部分學校/專攻（如東大工學系）是采用「考核-錄取-配屬」這種方式進行選拔，多數還是基于報名時選擇的志愿來選拔。因此，如果不能提前和教授敲定研究意向，且研究意向和教授的指導范圍實質上如果出現了偏頗，是會影響錄取的。此外，有些學校/專業異常熱門，就會出現僧多粥少的局面。如此一來在考試成績差別不大的情況下，教授會多考慮之前有聯系的學生而非空降而來的學生。
  作為前兩點的總括，提前聯系教授可以提前把握教授對于你的基本態度，從交流的過程中可以發現一些端倪，從而判斷他是否有收你的意愿。例如詢問你在研究室日后詳細的規劃，對你的基本信息很感興趣，給你介紹研究室成員并且囑咐提供幫助——這些都屬于積極的信號。反之則為消極信號（包括無視請求聯絡的郵件，抑或是直接表明研究室人滿/研究內容不相干）。這些隱性信息會有助于你更合理地作出決策，讓你的報考過程更。
  以上所有階段完成后，恭喜你，你已經完成入學的所有手續，可以準備迎接大學院生活了。